Założonym celem Bałtyckiego Kongresu Geodezyjnego jest integracja środowiska geodezyjnego oraz wymiana doświadczeń i osiągnięć. Dlatego w ramach Kongresu organizowana jest Międzynarodowa Konferencja Naukowo-Techniczna Geomatyka 2016, która obejmuje następującą tematykę:
- autonomiczne pojazdy, statki morskie i powietrzne,
- badania obszarów morskich i przybrzeżnych,
- fotogrametria i teledetekcja wraz z skaningiem laserowym (LiDAR),
- geodezja inżynieryjna i monitoring geodezyjny,
- geodezja wyższa, grawimetria, sieci geodezyjne,
- geoinformatyka - teoria i zastosowanie,
- kartografia i wizualizacja danych kartograficznych,
- kataster, planowanie przestrzenne, rozwój miast,
- nowoczesne metody teledetekcyjne, analiza i przetwarzanie danych,
- rozwój geodezji, nauk o Ziemi, teledetekcji i edukacji geodezyjnej,
- technologie kosmiczne i satelitarne,
- zarządzanie bazami i analiza danych biometrycznych,
- zastosowanie GIS w ochronie środowiska, transporcie i zarządzaniu kryzysowym.